たぶん、僕の書いた記事「javascriptを初めて学ぶ人についてのおさらい。その１」と「javascriptを初めて学ぶ人についてのおさらい。その２」を読めば全部理解するはず！（嘘偽有り）

JavaScriptは完全なオブジェクト指向ではない

これは書かれていることそのままでいいかな。ツッコミどころはそこじゃないけど。
ただ、一つ、「プロトタイプベース」「インスタンスベース」という言葉の指摘をするのであれば「オブジェクト指向プログラミング言語ではない」のが正しいのかな。どうでもいいけど

functionの定義には2つある。違いもある

これは完結してた

ただ、文と式、みたいなところにもスポットライト当ててください。。

いわゆるクロージャは単純な概念である

本文には

感覚的には単純だが、論理的には複雑で言葉で説明しづらい。体で覚えたほうが楽なタイプの概念。どんどん拾ったコードを試そう。試せばわかるよ。難しく解説してる人とか無視してOK。

これは本質を捉えている気もするけど、なんとなくアウト。
難しく解説するには、それなりの理由があるかも。特にスコープを理解しないと間違った用法が出回ると後々困るんじゃ。。？
javascriptの変数宣言には、letやvalみたいな宣言はなくて、varと宣言なしの グローバル宣言しかない。特にこのグローバル宣言でクロージャを体得されると、後々余計なバグを作っちゃうかも

以下はグローバル宣言を使ったクロージャ的サンプル

var createCounter = function (){
    counter = 0;
    return function (){
        return counter++;
    };
};

var hoge = createCounter();
print(hoge()); // 0
print(hoge()); // 1
print(hoge()); // 2

これもクロージャだよね？と新人に聞かれたら、思わずスコープのお話をしてしまうに違いない！
なので、他のスコープから触れないように定義する。そうすると難しくなっていく。。。

var createCounter = function (){
    var counter = 0;
    return function (){
        return counter++;
    };
};

var hoge = createCounter();
print(hoge()); // 0
print(hoge()); // 1
print(hoge()); // 2

IE8はDOMアクセスがクソ速い

これは正しい。もちろん、Firefox3.5もOpera10も早い
でも、DOMをガリガリ書くよりも、CSSSelectorを使うようになっているトレンドも忘れないであげてください。。。

XmlHttpを使いたいだけならライブラリ使うな

そして再利用可能なコードなのに、似て非なるものが増えていく。。。

prototype継承とか言っちゃってる奴は目を覚ませ

元エントリによると

「prototypeを使ってプロパティの継承を行うメリットとは何か」
これに答えられないなら勉強しなおしたほうが良い。答えられた奴はprototype継承って言うのやめとこな？
そもそもprototypeは継承の仕組みではない。あと「プロトタイプベース」と「インスタンスベース」はまったく違う。

まず、ここまで書くならメリットを教えてあげてもいいじゃん。。。
「プロトタイプベース」「インスタンスベース」と上げる前に、prototypeのメリット的なのを僕から。

javascriptには、prototypeっていうプロパティがあって、そこに値を入れておくと、同じ値を共有（共有には御幣があるかも）できるよ。って仕組みがあります。まずはコード

var Hoge = function (){};
Hoge.prototype.hello = function (){
    return 'hello world';
};

var a = new Hoge;
print(a.hello()); // hello world

んで、このprototypeのおかげで、元となるprototypeに新しいプロパティを増やすと、そのprototypeのインスタンスにもそれがついてくるよ！ってのがメリットでしょうか（あまり使わないかも。。。）

var Hoge = function (){};
Hoge.prototype.hello = function (){
    return 'hello world';
};

var a = new Hoge;
print(a.hello()); // hello world

Hoge.prototype.hello2 = function (){
    return 'hello hello hello';
};

print(a.hello2()); // hello hello hello

インスタンスベース

説明が難しいところだけど、これはインスタンスベースでもできるじゃんか。ということなので、できる。上のコードをインスタンスベースにしてみると

var Hoge = {
    hello: function (){
        return 'hello world';
    }
};

var a = Hoge;
print(a.hello()); // hello world

Hoge.hello2 = function (){
    return 'hello hello hello';
};

print(a.hello2()); // hello hello hello

でもこれだと、インスタンス中の値がずっと同じ参照（※例1）になるから、javascriptでは、新しい参照を作るときに clone ではなく new という仕組みでクラスベースな考えになっている（※例2）。と

※例1

var Hoge = {
    counter: 0,
    increment: function (){
        return this.counter++;
    }
};

var a = Hoge;
print(a.increment()); // 0
print(a.increment()); // 1
print(a.increment()); // 2

var b = Hoge;
print(b.increment()); // 3

※例2

var Hoge = function (){
    this.counter = 0;
};
Hoge.prototype.increment = function (){
    return this.counter++;
};

var a = new Hoge;
print(a.increment()); // 0
print(a.increment()); // 1
print(a.increment()); // 2

var b = new Hoge;
print(b.increment()); // 0
print(b.increment()); // 1

うーん。あまりいい例が思い浮かばない。。。
とりあえず、javascriptにはconstructorもあるから、インスタンスベースではなく、クラスベースと捉えた方がわかりやすそう。

function.applyには正しい使い方がある

正しいかどうかは、別として、javascriptのthisという動的レシーバはとても便利だったりする。

var hello = function (arg1, arg2){
    return this.calc(arg1, arg2);
};
var Add = {
    calc: function (arg1, arg2){
        return arg1 + arg2;
    }
};
var Mul = {
    calc: function (arg1, arg2){
        return arg1 * arg2;
    }
};

print(hello.apply(Add, [1, 2])); // 3
print(hello.apply(Mul, [1, 2])); // 2

Javaで匿名クラスをゴリゴリとか、containerに入れてほげほげ。とか面倒なのが色々あるけど、javascriptなら標準装備！
なんて、うたい文句はあまりないけど、delegateとかproxyとかその辺がめっちゃ楽になるのはホント

（ってか「正しい使い方」を教えてください。。。）

Canvasは必ず覚えるべき

SVGもあると便利かと。

おわり

jsの話題で今年書くことになるとは思わなかった。。
とにかく、元エントリに何か物申すつもりはなく、補足も書いてあると良い事言ってるのになーと思ったんで個人的補足でした。

「インスタンスベース」でプロトタイプを学ぶなら、IoLanguageを触るのが一番簡単だと思う。きっとjsで、モヤモヤしていることはすべてスッキリ！になる。はず。
ちゃんとプロトタイプしたいならSelfもSlateも勉強になるはず。
「クラスベース」なプロトタイプはjavascriptじゃないかな。といっても、cloneとproto(__proto__はあるけど)がないと落ち着かない人はIoの世界へようこそ